При работе с гербицидами необходимо строго следовать инструкциям и соблюдать меры предосторожности. Важное место в системе ухода за льном занимает борьба с вредителями и болезнями. К главнейшим вредителям льна относятся льняные блошки, льняной трипе, льняная плодожорка, совка-гамма.
Влажные и засоренные семена льна при хранении могут повреждаться клещами.
Вредоносность льняных блошек бывает высокой в годы с жарким и сухим летом. Блошки особенно опасны для всходов льна, при массовом размножении они могут даже вызвать их гибель.
Основными мерами борьбы с льняными блошками являются протравливание семян с инсектицидными добавками, проведение краевой, а при необходимости и полной обработки посевов 30%-ным вофатоксом из расчета 1 кг препарата на 1 га (или 80%-ным хлорофосом - 0,8 кг/га). Против трипса посевы льна в период бутонизации обрабатывают 80%-ным хлорофосом.
Применяют авиаобработку.
Семена льна при хранении могут повреждаться и загрязняться клещами. При закладке на хранение их следует хорошо очистить и просушить.
Семенные склады перед засыпкой семян льна должны быть обязательно подвергнуты дезинфекции.

Льняная солома и треста повреждаются мышами. Для борьбы с ними используют зооциды, а также соблюдают правила укладки и хранения продукции.
Наиболее распространенными болезнями льна-долгунца являются ржавчина, фузариоз, полиспориоз, бактериоз, антракноз и др.
Ржавчина распространена во всех льносеющих районах. Относится к грибным болезням. Поражает листья и стебли; растения отстают в росте, снижаются их продуктивность и качество волокна.
В борьбе с ржавчиной льна первостепенное значение имеет выведение и внедрение в производство устойчивых к этой болезни сортов. Кроме того, необходимо строго соблюдать агротехнические требования - посев проводить в ранние сроки, избегать внесения избыточного количества азотных удобрений, уничтожать остатки льна в поле.